A Universidade Federal do Rio Grande (FURG), fundada em 20 de agosto de 1969 (Decreto N° 774), consolidou uma série de cursos superiores que funcionavam organizados em Escolas e Faculdades (Escola de Engenharia Industrial, Faculdade de Ciências Políticas e Econômicas, Faculdade de Direito, Faculdade Católica de Filosofia, Ciências e Letras).

A Universidade está localizada no extremo sul de Brasil, na Cidade de Rio Grande (RS), junto ao estuário da Lagoa dos Patos que abriga um dos principais portos marítimos do País. Sendo um ponto de grande interação continental e oceânico, afetado pelos fatores sociais e econômicos da vida rural, a Universidade passou a atender as necessidades e aspirações de seu meio social. A influência do ambiente oceânico e a antiga tradição marítima do rio-grandino, sempre vinculada às tarefas do mar em suas múltiplas facetas, determinaram a preocupação da FURG em orientar suas atividades docentes, de pesquisa e extensão para esse meio.

Um marco decisivo para a implementação dessa política foi a criação, em 1970, do Curso de Oceanologia (formalmente reconhecido pelo MEC em 1975), pioneiro do Brasil em nível de graduação, para formação de profissionais nas linhas biológica e geológica, hoje reestruturado e abrangendo uma formação mais ampla, em todas as áreas da oceanografia.

Em 1975 foi dado um passo importante no desenvolvimento da pesquisa marinha através da implantação do ambicioso "Projeto Atlântico", cujo principal objetivo era o desenvolvimento da pesquisa científica e tecnológica na região oceânica sul-brasileira, bem como da Lagoa dos Patos, especialmente da sua zona estuarina. A construção da área de laboratórios e aquisição de equipamentos oceanográficos, concentrados na Base Oceanográfica Atlântica (atual Instituto de Oceanografia) e meios flutuantes (como o Navio Oceanográfico "Atlântico Sul" e a Lancha Oceanográfica "Larus", além de embarcações menores), tiveram financiamento da FINEP. Esta estrutura propiciou que se cumprisse com o objetivo principal deste projeto, que era a promoção do desenvolvimento das Ciências Marinhas na zona estuarina e costeira na região sul do Brasil, na época a de maior potencial pesqueiro em toda a costa brasileira. Em 1979, a FURG já possuía um corpo docente de alto nível, justificando a criação do Programa de Pós-Graduação em Oceanografia Biológica (nível Mestrado), o qual foi autorizado a funcionar pelo Of. No. 042/78 da Secretaria Executiva do Conselho Nacional de Pós-Graduação e credenciado pelo Conselho Federal de Educação, conforme parecer  394/86. A crescente demanda por maior qualificação na área, somado ao incremento no número de docentes com formação de excelência, especialmente em instituições acadêmicas internacionais, resultou na proposta do curso de Doutorado, o qual iniciou suas atividades em 1992. Desde então, inúmeros pesquisadores das diversas áreas da oceanografia têm complementado e enriquecido o potencial humano para a oceanografia nacional e internacional (vários alunos que procuram o PPGOB são estrangeiros).
Vários fatores podem ser citados para justificar a grande procura pelos cursos de Mestrado e Doutorado em Oceanografia Biológica. Pode-se citar: a tradição e a excelência da FURG em ciências do mar e a sua reestruturação com a criação em 2008 do Instituto de Oceanografia; a alta capacitação dos docentes; a interdisciplinaridade do programa; a implantação de programas de formação de recursos humanos na área de estudos ecoloógicos puros e aplicados, incluindo pesquisa sobre a dinâmica dos ecossistemas oceânicos, costeiros e estuarinos; pesquisas ecológicas de longa duração; mudanças climáticas; ecotoxicologia; pesquisa pesqueira.

O ano de 2008 representa um marco histórico para a Universidade Federal do Rio Grande (FURG). Neste ano, a FURG sofreu uma grande reestruturação do seu estatuto que, essencialmente, acabou com a estrutura departamental que a regia e criou 13 unidades acadêmicas centradas nas suas atividades/cursos oferecidos. No caso da oceanografia, os professores oriundos de quatro departamentos (oceanografia, física, química e geociências) convergiram para formar o Instituto de Oceanografia da FURG (IO-FURG). O IO-FURG conta hoje 60 docentes (56 doutores) ligados aos diversos ramos das ciências do mar e atuando, de acordo com a sua formação, nos vários cursos do Instituto em nível de graduação (oceanologia e, mais recentemente, tecnólogo em gestão ambiental) e pós-graduação strictu sensu (Oceanografia Biológica – CAPES 5; Oceanografia Física, Química e Geológica – CAPES 5; Aqüicultura – CAPES 4 e, mais recentemente, Gerenciamento Costeiro – CAPES 3). Com isso consagra-se a vocação da universidade para o estudo dos ambientes marinhos e costeiros e, indiscutivelmente, fortalecem-se as bases para o desenvolvimento dos seus programas de ensino nos diferentes níveis, na pesquisa e na extensão.