O Laboratório de Cianobactérias e Ficotoxinas (LCF), antiga Unidade de Pesquisas em Cianobactérias (UPC), foi criado em 1986 e desde então interage com a comunidade, através de treinamento, ensino, pesquisa e extensão. Atua-se em diferentes linhas de pesquisa tais como bioquímica, ecotoxicologia, fisiologia e ecologia de cianobactérias, assim como experimentos em laboratório e estudos sobre ficotoxinas (fitoplâncton e cianobactérias), saúde animal e ambiental, interação de fatores ambientais com a formação de florações nocivas e mudanças climáticas e seus efeitos sobre fitoplâncton e cianobactérias. Desenvolvem-se trabalhos em fixação de nitrogênio (N₂) por cianobactérias; tem-se um banco de cultivos de cianobactérias, incluindo linhagens fixadoras de N₂ isoladas de campos de arroz, pântanos, marismas, estuários e zonas costeiras. Tem-se investido também em linhagens marinhas de cianobacterias e diatomáceas, principalmente as produtoras de ficotoxinas. Atuamos na Pós-graduação (Mestrado e Doutorado) em Oceanografia Biológica e em Oceanologia (antes Oceanografia Física, Química e Geológica).